南京晓庄学院是于2000年3月由南京市师范专科学校、南京教育学院、南京市晓庄师范学校合并组建而成的普通高等院校。

学校办学历史悠久，可以追溯到伟大的人民教育家陶行知先生于1927年3月15日创办的晓庄试验乡村师范。

2000年以前，南京晓庄学院几经变迁、调整和合并。

其中，陶行知先生创办的晓庄试验乡村师范，于1928年8月更名为南京晓庄学校，1930年4月遭国民党当局查封。全国解放以后，在党中央、国务院和周恩来总理的亲切关怀下，南京晓庄学校于1951年1月复校，1952年改名为南京晓庄师范学校，1955年10月更名为江苏省晓庄师范学校，1971年定名为南京市晓庄师范学校。

南京市师范专科学校办学历史始于1951年之南京市师范专修科。1958年7月学校正式建立，1962年7月学校停办，1984年11月学校复办。

南京教育学院前身为1952年10月创建的南京市教师进修学校，1953年8月更名为南京市教师进修学院。1956年4月，南京市教师进修学院的一部分改名为江苏教师进修学院（即今江苏第二师范学院的前身），南京市单独设立南京市教师进修学院。1969年学校停办，1972年5月学校复办，名为南京市教师进修学校，1975年更名为南京市教师进修学院，1983年3月定名为南京教育学院。

1991年6月1日，经国家教委批准，南京市师范专科学校和南京教育学院合并组建为南京师专·教院。

2000年3月，经国家教育部批准，南京市师范专科学校、南京教育学院与南京市晓庄师范学院合并组建为南京晓庄学院。

2014年10月15日，南京幼儿高等师范学校并入。